Systemanalyse (2025S)

(840.038, VU, 2 Std, 3 ECTS, Masterstudium Medizinische Informatik - N 066 936)

Rudolf Karch

Zeit:	Mittwoch, 14:00 - 15:30
Ort:	Webex Meeting
Beginn:	12. März 2025
Anmeldung:	Med.Campus
Moodle Kurs:	Systemanalyse 2025S (840.038)
Präsentationen:	02. Juli 2025

Inhalt

Grundlagen der Systemanalyse (pdf-1) (pdf-2) Physiome Project (IUPS) Physiome Project (NSR) Matrix Vector (MIT MATHLETS) Convolution: Flip and Drag (MIT MATHLETS) Convolution: Accumulation (MIT MATHLETS) Norbert Wiener - Begründer der Kybernetik (Ö1, Salzburger Nachtstudio, 19 03 2014) Landkarten des Geistes - Über das Denken in Modellen und seine Tücken (Ö1, Punkt eins, 14 04 2020) scobel - Emergenz: Das verborgene Prinzip des Lebens (07 03 2024) Literatur: Mechanics of biomolecules (G Bao, 2002) The IUPS human physiome project (P Hunter et al, 2002) Computational physiology and the physiome project (EJ Crampin et al, 2004) A Strategy for Integrative Computational Physiology (P Hunter, P Nielsen, 2005) Concepts, properties, and applications of linear systems (D Verotta, 1996) Deterministic nonperiodic flow (E Lorenz, 1963) Chaos at fifty (A Motter, DK Campbell, 2013) Pharmakokinetische Modelle (pdf-1) (pdf-2) Links: Michaelis-Menten Enzyme Kinetics and the Steady-State Approximation - Wolfram Demonstrations Project Literatur: On the use of pharmacokinetic models (A Rescigno, 2004) The rise and fall of compartmental analysis (A Rescigno, 2001) Compartmental analysis revisited (A Rescigno, 1999) Qualitative theory of compartmental systems (J Jacquez and C Simon, 1993) PET microdosing (M Bergstroem et al, 2003) Radioligand studies: imaging and quantitative analysis (A Lammertsma, 2002) An introduction to PET and SPECT neuroreceptor quantification models (M Ichise et al, 2001) PET: imaging and quantification of neurotransporter availability (M Laruelle et al, 2001) Simulationswerkzeuge: MATLAB (pdf) und Simulink (pdf) MATLAB Basic Functions Reference (pdf) A history of MATLAB (C Moler, J Little, 2020) The MathWorks Technical Articles and Newsletters MATLAB CENTRAL MATLAB CENTRAL - AI Chat Playground MATLAB Examples MathWorks - Forschung und Lehre Alternativ: GNU Octave, Scilab Simulationswerkzeuge: Wolfram Mathematica (pdf), Übungen (pdf) WOLFRAM WOLFRAM Mathematica WOLFRAM Public Resources WOLFRAM Library Archive Wolfram Language WOLFRAM Demonstrations Project WOLFRAM U - All Classes and Courses Mathematica-Ressourcen Wolfram MathWorld Softwarelizenz für Studierende Skriptum Scientific Computing An elementary introduction to the Wolfram Language (S Wolfram, 2017) An elementary introduction to the Wolfram Language (interactive course) Hands-on Start to Mathematica - training video Hands-on Start to Mathematica Online - training video Die Wolfram Language: Schnell-Einführung für Programmierer Mathematica und Wolfram Language: Schnell-Einführung für Mathematikstudierende Einführung in Mathematica (Teschl & Teschl) Alternativ: WolframAlpha, SageMath

Computational Physiology (Modellierung und Simulation physiologischer Systeme) (2024S)

(660.000, SE, 2 Std, 2 ECTS, Freie Wahllehrveranstaltung)

Rudolf Karch

Zeit:	Mittwoch, 14:00 - 15:30 VB am 13. März 2024 gem. mit der VU "Systemanalyse"
Ort:	Informatikbibliothek, Spitalgasse 23, BT 88 Ebene 03, Gang 800, Raum-Nr. 88.03.806 ab 20.03.2024: CeDAS-Schulungsraum, Spitalgasse 23, BT88 Ebene 03, Gang 500, Raum-Nr. 88.03.512
Anmeldung:	Med.Campus
Themen:	Seminarthemen
Referate (2021S):	Alexander Dimitrov: Erstellung graphischer Benutzeroberflächen mit MATLAB, Seminararbeit
Referate (2019W):	Laura Gschwandtner: Neuronenmodelle Claudius-Daniel Ciupe: SIMULINK-Simulationen in der Medizin Filip Tadeusz Koniuszewski: Molecular dynamics simulations of biomolecules Stefan Latzko: Das SIR-Modell
Referate (2019S):	Simon Ott: Deterministic and stochastic simulation of biochemical pathways using MATLAB,                  Seminararbeit, Programme Andreas Tiefenbacher: Network modeling approaches in Molecular Biology, Seminararbeit
Referate (2018S):	Attila Pataki: Python for Scientific Computing, Seminararbeit Diana Muscalu: Models for Circadian Rhythms, Seminararbeit Eric Mörth: Simulation prothetischer Vision, Seminararbeit Bianca Sasu: Zirkadiane Rhythmen, Seminararbeit Lena Dunz: Modelle des Insulin-Glukose Systems, Seminararbeit
Referate (2017S):	Lisa Frauenstein: Diffusion Maps - Anwendungsgebiete in der Medizinischen Informatik
Referate (2016W):	Georg Preishuber: Repräsentation, math. Verarbeitung und Speicherung von med. Wissen
Referate (2016S):	Daniel Sobotka: Pharmakokinetische Modelle mittels SimBiology und SBML
Referate (2015W):	Denise Schindelböck: Glucose-Insulin Models, Seminararbeit
Referate (2015S):	David-Alexandru Sere: Proteins, GPUs, and Simulated Annealing
Referate (2014W):	Manfred Klöbl: Modeling Brain Activity - From Chaos to Linearity, Handout
Referate (2013W):	Martin Bauer: Blutzuckerregulation am Beispiel des Diabetes mellitus Daniel Gosch: SimBiology - A MATLAB package Hannes Stornig: PET microdosing Martin Bauer: P-glycoprotein mediated drug-drug interaction at the human blood-brain barrier Jasmin Haider: Das SIR-Modell Martin Bauer: HIV - AIDS Florian Schwarzhans: Modeling and simulation of chemical reactions with MATLAB, Software
Referate (2012W):	Martin Bauer: Blutzuckerregulation Michaela Hendling: Parallel Computing mit MATLAB, Codebeispiele Rabea Krexner: Simulink R2012b Martin Bauer: Positronen-Emissions-Tomographie am Beispiel einer Studie Simone Sauter: Understanding biological functions through molecular networks Doron Edlinger: Integration von MATLAB und .NET Konrad Peters: Export nach .NET und Erstellung von GUIs mit MATLAB, Programme
Referate (2011W):	Martin Bauer: Blutzuckerregulation Christian Bauer: Modeling Tools Gerhard Kober: Python for Scientific Computing, speedtest.py, Python-Course Uni Freiburg Martin Bauer: P-glycoprotein mediated drug-drug interaction at the human blood-brain barrier Martin Stöckl: SBML - The Systems Biology Markup Language Martin Bauer: HIV - AIDS Petranka Petrova: Modellierung und Simulation der Ausbreitung von HIV Klaus Pfeiffer: Signalübertragung in Zellen und Calcium-Oszillationen Bernhard Huber: CellML Boris Stampf: GPU-Computing mit NVIDIA CUDA, Handout
Referate (2010W):	Philipp Pavelka: Eureqa Jörg Mathe: Modeling the insulin-glucose feeedback system Pelin Cizgin: Enzyme kinetics at high enzyme concentration, Michaelis-Menten Gleichung Markus Toman: Mutual information - Theorie und Anwendungsbeispiele György Horváth: CT-Perfusion Gehirn Michelle Neubissi: Minimal model for signal-induced Ca++ oscillations Rudolf Röckelein: Apache Hadoop