Supplemental data:

Molecular predictors of anaemia after kidney transplantation

J. Wilflingseder1, A. Kainz1,2, P. Perco2,3, B. Mayer3, R. Oberbauer1,2

1- Department of Nephrology, KH Elisabethinen, Linz, Austria
2- Department of Nephrology, Medical University of Vienna, Austria
3- emergentec biodevelopment GmbH, Vienna, Austria


All supplemental data are available for download as a single PDF document.

TABLES
FIGURES
Table 1 Table 1

Demographic data of patients comparing ESA positive case and ESA negative control group. Continuous data are given as median and interquartile range. Categorical data are shown as counts or fractions. Significant p-values are given in bold.

Figure 1 Figure 1

Dendrogram derived by applying unsupervised hierarchical clustering on the basis of the expression profiles characterizing the ESA group (anaemia within the first year after transplantation, orange bar) and the non-ESA group (no anaemia within the first year after transplantation, blue bar). Red spots indicate upregulated transcripts, whereas green spots indicate downregulated transcripts relative to the reference RNA used. The 34 differentially expressed genes can be categorized according to PANTHER ontologies into their main biological processes: 1. immunity and defence, 2. endoderm development, 3. protein-lipid modification, 4. amino acid catabolism, 5. protein complex assembly, 6. carbon metabolism, 7. transport, 8. protein ADP-ribosylation, and 9. signal transduction.
Table 2 Table 2

Multivariate logistic regression model. The discriminative power of this model is indicated by a cross-validation c-statistics of 0.93 (AUC). Given is the odds ratio (OR), the confidence interval, and the p-values.

Figure 2

 Figure 2

Given is the largest protein-protein interaction subnetwork holding genes exhibiting differential expression further including protein interaction partners derived from OPHID. Blue nodes (38 features) indicate down-regulated genes and red nodes (40 features) denote up-regulated genes as found in the ESA positive group. Gray nodes represent proteins identified by the nearest neighbour expansion method.
Table 3

 Table 3

Discrimination of the models and optimism (3A) derived from the re-sampling procedure (50-fold cross validation). Calibration of the ESA prediction model by the Hosmer-Lemeshow goodness of fit test (3B). The expected to observed number of cases in each of the deciles of patients were not statistically different suggesting good calibration (p=0.88, Chi-square test).

Figure 3 Figure 3

ROC curves: Discrimination for ESA need within the first year after transplantation using clinical data (dotted line), expression features (dashed line), or the combination of both (solid line).

Original data according to MIAME-Guidelines
MIAME.pdf

Data of all arrays in a single rar-File: Arraydata.rar (6.6 MB)

ESA_shcm180 ESA_shcm180 ESA_shcm180
ESA_shcm182 ESA_shcm182 ESA_shcm182
ESA_shcm191 ESA_shcm191 ESA_shcm191
ESA_shcm192 ESA_shcm192 ESA_shcm192
ESA_shdb205 ESA_shdb205 ESA_shdb205
ESA_shdb215 ESA_shdb215 ESA_shdb215
ESA_shdb217 ESA_shdb217 ESA_shdb217
ESA_shdb221 ESA_shdb221 ESA_shdb221
ESA_shem206 ESA_shem206 ESA_shem206
ESA_shem251 ESA_shem251 ESA_shem251
ESA_shem252 ESA_shem252 ESA_shem252
ESA_shem254 ESA_shem254 ESA_shem254
ESA_sher182 ESA_sher182 ESA_sher182
ESA_sher188 ESA_sher188 ESA_sher188
ESA_sher190 ESA_sher190 ESA_sher190
ESA_sher208 ESA_sher208 ESA_sher208
ESA_sher209 ESA_sher209 ESA_sher209
ESA_sher232 ESA_sher232 ESA_sher232
ESA_sher244 ESA_sher244 ESA_sher244
ESA_sher246 ESA_sher246 ESA_sher246
ESA_shfr082 ESA_shfr082 ESA_shfr082
ESA_shfr094 ESA_shfr094 ESA_shfr094
ESA_shfr107 ESA_shfr107 ESA_shfr107
ESA_shfr119 ESA_shfr119 ESA_shfr119
ESA_shfr086 ESA_shfr086 ESA_shfr086
non ESA_shcm181 non ESA_shcm181 non ESA_shcm181
non ESA_shcm185 non ESA_shcm185 non ESA_shcm185
non ESA_shdb204 non ESA_shdb204 non ESA_shdb204
non ESA_shdb214 non ESA_shdb214 non ESA_shdb214
non ESA_shdb218 non ESA_shdb218 non ESA_shdb218
non ESA_shdb219 non ESA_shdb219 non ESA_shdb219
non ESA_shdb220 non ESA_shdb220 non ESA_shdb220
non ESA_shdb222 non ESA_shdb222 non ESA_shdb222
non ESA_shdb223 non ESA_shdb223 non ESA_shdb223
non ESA_shdb225 non ESA_shdb225 non ESA_shdb225
non ESA_shem253 non ESA_shem253 non ESA_shem253
non ESA_sher180 non ESA_sher180 non ESA_sher180
non ESA_sher189 non ESA_sher189 non ESA_sher189
non ESA_sher198 non ESA_sher198 non ESA_sher198
non ESA_sher211 non ESA_sher211 non ESA_sher211
non ESA_sher221 non ESA_sher221 non ESA_sher221
non ESA_sher222 non ESA_sher222 non ESA_sher222
non ESA_sher231 non ESA_sher231 non ESA_sher231
non ESA_sher241 non ESA_sher241 non ESA_sher241
non ESA_sher242 non ESA_sher242 non ESA_sher242
non ESA_sher245 non ESA_sher245 non ESA_sher245
non ESA_shfr072 non ESA_shfr072 non ESA_shfr072
non ESA_shfr085 non ESA_shfr085 non ESA_shfr085
non ESA_shfr093 non ESA_shfr093 non ESA_shfr093
non ESA_shfr096 non ESA_shfr096 non ESA_shfr096